Almond population genomics and non-additive GWAS reveal new insights into almond dissemination history and candidate genes for nut traits and blooming time
Pérez de los Cobos, Felipe (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Coindre, Eva (Institut National de Recherche sur l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement)
Dlalah, Naima (Institut National de Recherche sur l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement)
Quilot-Turion, Bénédicte (Institut National de Recherche sur l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement)
Batlle, Ignasi (Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries)
Arús i Gorina, Pere (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Eduardo, Iban (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Duval, Henri (Institut National de Recherche sur l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement)

Data:	2023
Resum:	Domestication drastically changed crop genomes, fixing alleles of interest and creating different genetic populations. Genome-wide association studies (GWASs) are a powerful tool to detect these alleles of interest (and so QTLs). In this study, we explored the genetic structure as well as additive and non-additive genotype-phenotype associations in a collection of 243 almond accessions. Our genetic structure analysis strongly supported the subdivision of the accessions into five ancestral groups, all formed by accessions with a common origin. One of these groups was formed exclusively by Spanish accessions, while the rest were mainly formed by accessions from China, Italy, France, and the USA. These results agree with archaeological and historical evidence that separate modern almond dissemination into four phases: Asiatic, Mediterranean, Californian, and southern hemisphere. In total, we found 13 independent QTLs for nut weight, crack-out percentage, double kernels percentage, and blooming time. Of the 13 QTLs found, only one had an additive effect. Through candidate gene analysis, we proposed Prudul26A013473 as a candidate gene responsible for the main QTL found in crack-out percentage, Prudul26A012082 and Prudul26A017782 as candidate genes for the QTLs found in double kernels percentage, and Prudul26A000954 as a candidate gene for the QTL found in blooming time. Our study enhances our knowledge of almond dissemination history and will have a great impact on almond breeding.
Ajuts:	Agencia Estatal de Investigación PID2020-118612RR-I00 Agencia Estatal de Investigación PID2019-110599RR-I00 Ministerio de Ciencia e Innovación CEX2019-000902-S Ministerio de Economía y Competitividad SEV-2015-0533 Ministerio de Economía y Competitividad RTA2017-00084-00-00 Agencia Estatal de Investigación PCI2019-103670 Agencia Estatal de Investigación PRE2018-086724
Drets:	Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
Llengua:	Anglès
Document:	Article ; recerca ; Versió publicada
Publicat a:	Horticulture research, Vol. 10, Issue 10 (October 2023) , art. uhad193, ISSN 2052-7276

DOI: 10.1093/hr/uhad193
PMID: 37927408

11 p, 7.5 MB

El registre apareix a les col·leccions:
Documents de recerca > Documents dels grups de recerca de la UAB > Centres i grups de recerca (producció científica) > Ciències > CRAG (Centre de Recerca en Agrigenòmica)
Articles > Articles de recerca
Articles > Articles publicats